Die Geschlechtsunterscheidung ist bei Goldfischen sehr schwer.
Am einfachsten ist dies noch während der Laichzeit, wenn die Männchen auf den Kiemendeckeln, am Kopf und an den Brustflossen ihren Laichausschlag bekommen: kleine weiße erhabene Punkte. Außerdem sind sie dann meist hinter den Weibchen her, die man dann auch zuordnen kann.
Außerhalb der Laichzeit ist es fast unmöglich, Geschlechtsunterschiede festzustellen. Die Form der Kloake gibt Auskunft, doch muß man dazu die Fische i. d. R. in die Hand nehmen: bei Weibchen ist die Öffnung rund und etwas erhaben (nach außen gewölbt; während der Laichzeit oft deutlich ausgestülpte, aber sehr kurze Legeröhre), bei Männchen ist sie eher oval bis länglich und manchmal eingebuchtet. Außerdem ist der erste Strahl der Afterflosse bei Weibchen etwas verdickt.
Ein eher statistisches Merkmal ist die etwas fülligere Körperform weiblicher Goldfische; hier spielen wohl Alter, Größe und Fütterungszustand der Tiere eine zu große Rolle, als daß dieses Merkmal zur Geschlechtsunterscheidung herangezogen werden könnte. Eine Ausnahme bilden viele Schleierschwanzformen: Im Aufblick sind die Männchen durchgehend gestreckt, während die Weibchen von oben gesehen einen leicht birnenförmigen Körper haben. Der Hinterteil des Rumpfes ist deutlich verdickt. Auch sind bei den Schleierzuchtformen Brust- und Bauchflossen der Männchen deutlich länger als die der Weibchen.
Grundsätzlich gehört aber zur Geschlechtserkennung außerhalb der Laichzeit ein geübtes Auge. Sicherheit bringt oft nur die Untersuchung der Afteröffnung mit einer Lupe.