Zum einen bedeutet jede Veränderung Stress und das macht die Tiere immer vorsichtig.
Als weitere Idee würde ich mal die Pumpe hoch ziehen und mal lauschen, evtl. ist die Welle ausgeschlagen und das Ding macht ordentlich Rabatz.
Dann könnten deine Fischlis vor Inbetriebnahme evtl. ein sauerstoffproblem gehabt haben, was sie zur Atmung in die oberen Bereich gedrängt hat. Jetzt wo wieder eine Umwälzung stattfindet ist mehr Sauerstoff auch in den tieferen Bereichen. Aber alles nur Vermutungen da man deinen Teich ja nicht vor Ort sieht.
Noch eine kleine Frage hinter her, den Filter hattest du aber vorher gereinigt, oder?